Desikan-Killiany atlas
El paquete ggseg proporciona una función del mismo nombre que puede ser usada para dibujar las segmentaciones del cerebro. Esta función muestra el atlas cortical de Desikan-Killiany por defecto, como en el siguiente ejemplo.
# install.packages("remotes")
# remotes::install_github("LCBC-UiO/ggseg")
library(ggseg)
ggseg()
La función tiene varios argumentos que permiten seleccionar el hemisferio, la vista o incluso el color y tamaño de las líneas que delimitan las segmentaciones.
# install.packages("remotes")
# remotes::install_github("LCBC-UiO/ggseg")
library(ggseg)
library(ggplot2)
ggseg(mapping = aes(fill = region),
colour = "gray3", # Color de la segmentación
size = 1, # Tamaño de la segmentation
hemisphere = "left", # o "right"
view = "lateral") + # o "medial"
theme(legend.position = "none")
La librería también proporciona un geom llamado geom_brain. En el siguiente ejemplo cada región se colorea y se muestra una leyenda de cuatro columnas.
# install.packages("remotes")
# remotes::install_github("LCBC-UiO/ggseg")
library(ggseg)
# install.packages("ggplot2")
library(ggplot2)
ggplot() +
geom_brain(atlas = dk) +
guides(fill = guide_legend(ncol = 4)) +
theme_void() +
theme(legend.position = "bottom",
legend.text = element_text(size = 8))
Segmentación subcortical automática de Freesurfer
El otro atlas que viene con el paquete es aseg, que proporciona la segmentación subcortical automática de Freesurfer del volumen cerebral.
# install.packages("remotes")
# remotes::install_github("LCBC-UiO/ggseg")
library(ggseg)
ggseg(atlas = aseg)
También puedes elegir mostrar solo un hemisferio de los cerebros haciendo uso del argumento hemisphere.
# install.packages("remotes")
# remotes::install_github("LCBC-UiO/ggseg")
library(ggseg)
ggseg(atlas = aseg,
hemisphere = "left") # o "right"La función geom_brain también soporta el atlas aseg.
# install.packages("remotes")
# remotes::install_github("LCBC-UiO/ggseg")
library(ggseg)
# install.packages("ggplot2")
library(ggplot2)
ggplot() +
geom_brain(atlas = aseg) +
theme_void() +
theme(legend.position = "bottom",
legend.text = element_text(size = 8)) +
guides(fill = guide_legend(ncol = 4))Si te gusta este paquete considera echar un vistazo a ggseg3d para un atlas 3D del cerebro y a ggsegExtra para atlas adicionales así como funciones para crear atlas personalizados.
