Librería

ggseg

Autor principal

Athanasia Mo

Desikan-Killiany atlas

El paquete ggseg proporciona una función del mismo nombre que puede ser usada para dibujar las segmentaciones del cerebro. Esta función muestra el atlas cortical de Desikan-Killiany por defecto, como en el siguiente ejemplo.

# install.packages("remotes")
# remotes::install_github("LCBC-UiO/ggseg")
library(ggseg)

ggseg()

Desikan-Killiany cortical atlas

La función tiene varios argumentos que permiten seleccionar el hemisferio, la vista o incluso el color y tamaño de las líneas que delimitan las segmentaciones.

# install.packages("remotes")
# remotes::install_github("LCBC-UiO/ggseg")
library(ggseg)
library(ggplot2)

ggseg(mapping = aes(fill = region),
      colour = "gray3",    # Color de la segmentación
      size = 1,            # Tamaño de la segmentation
      hemisphere = "left", # o "right"
      view = "lateral") +  # o "medial"
  theme(legend.position = "none")

Personalización del atlas del cerebro

La librería también proporciona un geom llamado geom_brain. En el siguiente ejemplo cada región se colorea y se muestra una leyenda de cuatro columnas.

# install.packages("remotes")
# remotes::install_github("LCBC-UiO/ggseg")
library(ggseg)
# install.packages("ggplot2")
library(ggplot2)

ggplot() +
  geom_brain(atlas = dk) +
  guides(fill = guide_legend(ncol = 4)) +
  theme_void() +
  theme(legend.position = "bottom",
        legend.text = element_text(size = 8))

Función geom_brain en ggplot2

Segmentación subcortical automática de Freesurfer

segmentación subcortical automática de Freesurfer

El otro atlas que viene con el paquete es aseg, que proporciona la segmentación subcortical automática de Freesurfer del volumen cerebral.

# install.packages("remotes")
# remotes::install_github("LCBC-UiO/ggseg")
library(ggseg)

ggseg(atlas = aseg)

Personalización del atlas aseg

También puedes elegir mostrar solo un hemisferio de los cerebros haciendo uso del argumento hemisphere.

# install.packages("remotes")
# remotes::install_github("LCBC-UiO/ggseg")
library(ggseg)

ggseg(atlas = aseg,
      hemisphere = "left") # o "right"

La función geom_brain también soporta el atlas aseg.

Atlas del cerebro aseg en ggplot

# install.packages("remotes")
# remotes::install_github("LCBC-UiO/ggseg")
library(ggseg)
# install.packages("ggplot2")
library(ggplot2)

ggplot() +
  geom_brain(atlas = aseg) +
  theme_void() +
  theme(legend.position = "bottom",
        legend.text = element_text(size = 8)) +
  guides(fill = guide_legend(ncol = 4))

Si te gusta este paquete considera echar un vistazo a ggseg3d para un atlas 3D del cerebro y a ggsegExtra para atlas adicionales así como funciones para crear atlas personalizados.

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