Anatograma humano
La función gganatogram del paquete del mismo nombre se puede usar para crear anatogramas. La librería proporciona cuatro conjuntos de datos: hgMale_key, hgMale_key, cell_key y other_key. Ten en cuenta que también puedes crear tu propio data frame.
Hombre
Para crear el anatograma de un hombre pasa el data frame hgMale_key a la función gganatogram, especificando organism = "human" y sex = "male". Ten en cuenta que hemos establecido un tema en blanco y usado coord_fixed para mantener las proporciones.
# install.packages("remotes")
# remotes::install_github("jespermaag/gganatogram")
library(gganatogram)
gganatogram(data = hgMale_key,
organism = "human", sex = "male",
fill = "colour", fillOutline = "#a6bddb") +
theme_void() +
coord_fixed()
Mujer
El proceso para crear un anatograma de una mujer es análogo al del hombre, pero pasando el data frame hgFemale_key y especificando sex = "female".
# install.packages("remotes")
# remotes::install_github("jespermaag/gganatogram")
library(gganatogram)
gganatogram(data = hgFemale_key,
organism = "human", sex = "female",
fill = "colour", fillOutline = "#a6bddb") +
theme_void() +
coord_fixed()
Zoom
En caso de que necesites hacer zoom a una parte específica del anatograma puedes usar coord_cartesian. Recuerda eliminar el tema theme_void si quieres ver los valores de los ejes.
# install.packages("remotes")
# remotes::install_github("jespermaag/gganatogram")
library(gganatogram)
gganatogram(data = hgMale_key,
organism = "human", sex = "male",
fill = "colour", fillOutline = "#a6bddb") +
coord_cartesian(xlim = c(30, 75), ylim = c(-40, 0)) +
theme_void()
Sistemas
El gráfico por defecto muestra todos los sistemas del cuerpo, pero puedes especificar solo algunos de ellos. También puedes establecer outline = FALSE para dibujar solo los sistemas. Escribe hgMale_key$type o hgFemale_key$type para ver las opciones disponibles.
# install.packages("remotes")
# remotes::install_github("jespermaag/gganatogram")
library(gganatogram)
# install.packages("dplyr")
library(dplyr)
hgMale_key %>%
filter(type %in% "nervous_system") %>%
gganatogram(organism = "human", sex = "male",
fill = "colour", outline = FALSE) +
theme_void() +
coord_fixed()
Órganos
De manera similar a dibujar algunos sistemas también puedes dibujar algunos órganos. Escribe hgMale_key$organ o hgFemale_key$organ para una lista de los nombres de los órganos.
# install.packages("remotes")
# remotes::install_github("jespermaag/gganatogram")
library(gganatogram)
# install.packages("dplyr")
library(dplyr)
hgMale_key %>%
filter(organ %in% c("brain", "heart")) %>%
gganatogram(organism = "human", sex = "male",
fill = "colour") +
theme_void() +
coord_fixed()
Escala de color
La escala de color se puede personalizar en base a la columna values de los data frames y añadiendo una escala de color continua, como viridis.
# install.packages("remotes")
# remotes::install_github("jespermaag/gganatogram")
library(gganatogram)
gganatogram(data = hgMale_key,
organism = "human", sex = "male",
fill = "value",
fillOutline = "#a6bddb") +
theme_void() +
scale_fill_viridis_c() +
coord_fixed()
Otros organismos
También es posible especificar más organismos, como un ratón, células u otras especies de animales o plantas. Ten en cuenta que puedes aplicar los mismos conceptos que vimos en la sección anterior a los siguientes anatogramas.
Ratón
# install.packages("remotes")
# remotes::install_github("jespermaag/gganatogram")
library(gganatogram)
gganatogram(data = mmFemale_key,
organism = "mouse", sex = "female",
fillOutline = "#a6bddb", fill = "colour") +
theme_void() +
coord_fixed()
Célula
# install.packages("remotes")
# remotes::install_github("jespermaag/gganatogram")
library(gganatogram)
gganatogram(data = cell_key$cell,
organism = "cell",
fillOutline = "#a6bddb", fill = "colour") +
theme_void() +
coord_fixed()La lista other_key contiene 24 data frames con diferentes organismos. En los siguientes ejemplos hemos seleccionado algunos de ellos pero recuerda que hay más opciones disponibles para elegir.
Toro
# install.packages("remotes")
# remotes::install_github("jespermaag/gganatogram")
library(gganatogram)
gganatogram(data = other_key$bos_taurus,
organism = "bos_taurus", sex = "male",
fillOutline = "#a6bddb", fill = "colour") +
theme_void() +
coord_fixed()
Papio Anubis
# install.packages("remotes")
# remotes::install_github("jespermaag/gganatogram")
library(gganatogram)
gganatogram(data = other_key$papio_anubis,
organism = "papio_anubis", sex = "male",
fillOutline = "#a6bddb", fill = "colour") +
theme_void() +
coord_fixed()
Oryza sativa
# install.packages("remotes")
# remotes::install_github("jespermaag/gganatogram")
library(gganatogram)
gganatogram(data = other_key$oryza_sativa.whole_plant,
organism = "oryza_sativa.whole_plant",
fillOutline = "#a6bddb", fill = "colour") +
theme_void() +
coord_fixed()
